SQLiteはRIGHT OUTER JOINはサポートしてません。
左外部結合
SELECT A.Id, B.Name FROM A LEFT JOIN B ON A.Id = B.Id;
不一致テーブルの抽出(Aにあって、Bにない)
SELECT A.Id, B.Name
FROM A LEFT JOIN B ON A.Id = B.Id
WHERE B.Id ISNULL;
不一致テーブルを削除する(Bにないテーブルを、Aから削除する)
DELETE FROM A
WHERE Id IN (
SELECT A.Id
FROM A LEFT JOIN B ON A.Id = B.Id
WHERE B.Id ISNULL
);